Billy Bat cuenta la historia de Kevin Yamagata, un autor de origen japonés nacido en Estados Unidos que se dedica a ilustrar historietas para la editorial Marble [clara alusión a Marvel Comics], donde crea a un detective caricaturesco que resuelve crímenes, en un mundo habitado sólo por animales. Su nombre: Billy Bat, un murciélago de carácter frío, que siempre llega a la verdad en los asuntos donde mete el hocico.
Después del asesinato de John F. Kennedy, Jackie irá con su padre a Japón, como le recomendó su amigo murciélago. Del mismo modo, Kevin Yagamata también hará el viaje. En Japón, en la antigua provincia de Kii, un extraño extranjero adquiere una parcela para crear un parque de atracciones dedicado al murciélago. En realidad, allí está enterrado el pergamino legendario...