Regresar a Inglaterra tras la dura experiencia en Sudamérica depara sorpresas no del todo agradables a Jack Aubrey y a Stephen Maturin. El audaz capitán tiene motivos para estar contento, por lo menos a su llegada, pero la familia del espía y cirujano Maturin atraviesa uno de los momentos más duros de su existencia. La acción de El comodoro transcurre en su mayor parte en tierra, pero O''Brian consigue que, al igual que sus personajes, el lector perciba perfectamente el rumor lejano de un inquietante cañoneo. Napoleón se prepara para invadir Irlanda.
Aubrey y Maturin ven como el azar trastoca sus planes y les lleva a navegar por la costa africana, lo que supone un auténtico festín para la afición botánica de Maturin. Esto es aprovechado por Patrick O'Brian para reproducir el momento en el que los avances científicos se suceden con gran rapidez, a través del mejor conocimiento de la fauna y la flora. Por otro lado, una vez conocidas ya las aguas de Sudamérica, Jack Aubrey debe enfrentarse a unas costas que ha estudiado a fondo sobre el papel, pero del que apenas tiene un conocimiento directo. Y eso supone un riesgo del que no podrá librarse sin poner en acción su talento como navegante.
